Une fois déplacé dans le dossier /var/www/{nextcloud-url}, la commande
su -s /bin/bash -c 'php ./updater/updater.phar' www-data permet de mettre à jour Nextcloud via un système interactif en ligne de commande (en anglais). Attention, pour quitter le mode de maintenance à la fin de la mise à jour, répondre "N" à la dernière question, une fois la mise à jour terminée.